Przed badaniem pacjent przyjmuje w formie zastrzyku odpowiedni znacznik - FDG (zazwyczaj jest to glukoza związana z izotopem fluoru – związek bardzo szybko rozkładający się w organizmie, dzięki czemu badanie jest nieszkodliwe, a dawka promieniowania bezpieczna dla pacjenta), który wraz z krwią rozprowadzany jest po całym ciele.
Po podaniu FDG pacjent przez pewien czas wygodnie odpoczywa w fotelu, aby znacznik został wchłonięty przez komórki.
Zmagazynowane w komórkach FDG podczas badania wykrywane jest przez super czuły skaner PET-CT. Dzięki zastosowaniu izotopów fluoru można obserwować, jakim zmianom podlega glukoza w organizmie. Ponieważ komórki chore przetwarzają glukozę inaczej niż zdrowe, dzięki urządzeniu PET-CT możliwe jest uwidocznienie i zlokalizowanie nieprawidłowości już na poziomie komórki lub grupy komórek, nawet, jeśli anatomicznie dany fragment narządu niczym nie różni się od otaczających tkanek. Pozwala to na bardzo dokładną identyfikację i określenie położenia nawet niewielkich zmian nowotworowych.